Sim, sempre que fizer um envio nacional ou comunitário (dentro da União Europeia) receberá uma factura com IVA.
Lembre-se que se você usou um número VIES/IVA correto, o IVA não será aplicado às operações intracomunitárias. Você pode encontrar mais informações em VIES: O que é e como me inscrevo?
No nosso portal de ajuda explicamos como obter facturas dos seus envios.